市体育运动学校设15个内设机构:
(一)训练科。制定学校训练工作中远期工作方案、年度工作计划、工作总结并做好目标任务分解、督导、落实;负责教练员职业技能培训、训练水平提升、日常管理以及职业道德培养等;服务运动队，组织参加全省、全国性各类比赛，做好运动员赛前文化课考试和信息统计工作;负责对上联络沟通，协调输送优秀运动员等;负责省级、国家级各类比赛的赛事保障服务;负责教练员、运动员、裁判员队伍建设，运动员运动等级申报工作;组织新生入学体能测试，选拔优秀体育后备人才，规范新生入学程序;负责训练场馆日常管理;负责社会力量办训的推广、训练基地的初审，训练基地网点的联络、协调及管理;组织全市范围内各类体育竞赛;对接省体育训练中心各项业务、赛训工作。
(二)三大球运动管理中心。科学制定篮球、排球、足球运动训练计划、发展规划并实施;负责本项目教学研究，提升训练质量和效果;组织参加国家、省、市各项比赛。做好优秀运动员输送工作;指导县区实施本项目青少年业余训练、竞赛、后备人才梯队建设工作;负责全市中小学(幼儿园)以上运动项目的普及、提升指导服务工作;对接山东省篮球管理中心、排球管理中心、足球管理中心各项业务、赛训工作。
(三)武术学校办公室。科学制定武术套路、武术散打、跆拳道、空手道、体操运动训练计划并实施;负责本项目教学研究，提升训练质量和效果;组织参加国家、省、市各项比赛;做好优秀运动员输送工作;负责全市中小学(幼儿园)以上运动项目的普及、提升指导服务工作;对接省武术院、省拳跆管理中心、省体操管理中心各项业务、赛训工
(四)乒乓球学校办公室。科学制定乒乓球、羽毛球、游泳运动训练计划并实施;负责本项目教学研究，提升训练质量和效果;组织参加国家、省、市各项比赛;做好优秀运动员输送工作;指导县区实施本项目青少年业余训练、竞赛、后备人才梯队建设工作;引进高水平教练员进行指导训练;负责全市中小学(幼儿园)以上运动项目的普及、提升指导服务工作;对接省乒羽管理中心、省游泳管理中心各项业务、赛训工作。
(五)重竞技运动管理科。科学制定摔跤、柔道、举重拳击、击剑训练计划并实施;负责本项目教学研究，提升训练质量和效果;组织参加国家、省、市各项比赛;做好优秀运动员输送工作;负责全市中小学(幼儿园)以上运动项目的普及、提升指导服务工作;对接省举摔柔管理中心、省拳跆管理中心各项业务、赛训工作。
(六)田径运动管理科。科学制定田径、手球、橄榄球运动训练计划并实施，研究、提升训练质量和效果;组织参加各类项目比赛;做好优秀运动员输送工作;指导县区实施本项目青少年业余训练、竞赛、后备人才梯队建设工作;负责全市中小学(幼儿园)以上运动项目的普及、提升指导服务工作;对接省田径管理中心、省威海体育训练中心(手球、橄榄球项目)各项业务、赛训工作。
(七)射击自行车网球管理中心。科学制定网球、自行车、射击、赛艇、皮划艇、攀岩、射箭、铁人三项、冰雪项目运动训练计划并实施;负本项目教学研究，提升训练质量和效果;组织参加国家、省、市各项比赛;做好优秀运动员输送工作;负责全市中小学(幼儿园)以上运动项目的普及、提升指导服务工作;对接省小球联合会、省射击自行车运动管理中心、省水上运动管理中心各项业务、赛训工作。
(八)教务科。负责规范教育教学管理;开展教师师德师风教育，培养、提升教师职业素养;保障教学秩序，提高教学效果，文化课综合管理;提高学生文化素养，推进现代化教学，提高课堂质量;充分发挥全市体育中心教研组职能，开展教研指导活动，提高全市体育文化教学水平，高标准完成体育教育任务;承担全省体育方面各类教学课题研究任务。
(九)科研中心。负责开展反兴奋剂培训教育、宣传工作;负责提供运动员赛前、赛中、赛后的运动营养管理和指导工作;负责开展运动项目专题研究，针对青少年竞技体育的普及和提高进行科学研究;探索实施体教融合、体医融合、“体育十”政策等科技项目，对相关专业技术、专业技能进行研究;积极与科研院校、区域科研平台、高等院校及社会组织搭建资源平台，开展科研课题研究等;负责北体函授站招生、培训工作，提高区域体育专业人员学历水平。
(十)招生就业指导办公室。负责中职招生工作;开展国职培训及“1+X”等各类职业培训;负责贫困生资助工作;负责学生学籍管理;负责毕业生就业指导、推荐等工作;负责中职毕业生高考、升学等工作。
(十一)学生科。负责德育工作，制定德育工作计划及工作制度并组织实施;负责发挥团委、学生会职能，组织各类主题教育活动、公益活动和社会实践互动;负责制定学生日常管理制度，并贯彻实施，抓好学生行为习惯培养;抓好学生一日常规管理，做好公寓、校园安全教育管理;建立和健全学校、家庭、社会三结合的教育网络，探索建立“家校共育”机制，充分发挥家庭、社会在教育中的作用;做好新生入学、学籍档案管理。
(十二)办公室。负责拟定学校发展规划、年度计划制定及发展落实工作;负责学校总运转、总协调、总调度工作及领导参谋、决策工作;负责日常行政会议、学校规章制度、通告、通知、用车管理，公务接待、节假日值班安排等综合性工作;负责人事、档案管理、绩效考核等工作;负责省级文明单位复核及转化文明校园工作;负责做好学校各类对上、对内评优树先、争创工作及学校发展各类绩效考评工作。
(十三)财务科。负责财务管理，完善单位内部控制制度，规范财务工作;负责编制部门预决算报表，做好项目申报、实施及绩效评价工作;负责日常业务核算，规范财务审批手续，确保报销票据手续完备、数字准确、账目清晰;负责各项资金的筹措、使用和管理工作;负责部门预算执行和分析，为领导决策提供参考依据;负责会计档案管理，按照规定做好记账凭证、账簿、报表等会计资料的立卷、建档和
保管工作。
(十四)总务科。负责为教学、训练、教育、体育、科研和职工生活做好后勤服务工作;负责办公、宿舍各类设施的修建、维护工作，消除安全隐息，确保校舍安全;负责固定资产的使用登记和维修，加强学校固定资产管理工作，严格执行国家有关财产物资管理制度;美化、绿化和净化办公室环境和校园环境;加强食堂的管理与监督。
(十五)老干部科。负责为老干部提供各类保障服务，组织开展文体活动;探索研究新形势下，充分发挥老干部的余热，为工作出力献策;负责工会会员权益维护工作;负责工会会员健康查体、福利发放工作;负责组织工会会员开展文体活动。